El atlas anatómico de Pernkopf, el Topographische Anatomie des Menschen (Atlas de Anatomía y Topografía Aplicada Humana), iniciado en 1933 y concluido en 1960, está considerado una de las obras anatómicas más importantes de todos los tiempos, a la altura de De Humani Corporis Fabrica, de Andreas Vesalius. Los cuerpos que diseccionó para ello, muy posiblemente, procedían de los campos de exterminio. En sus distintos volúmenes se incluyen más de 800 acuarelas hechas por un equipo de cuatro artistas, consideradas aún hoy como auténticas obras de arte a pesar de incluir muchas de ellas la esvástica en la firma de dos de sus autores. Pernkopf fue nombrado decano de la Facultad de Medicina en 1938 y rector de la Universidad de Viena en 1943, gracias no solo a sus credenciales académicas, sino también a su filiación política.
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